El proceso de elaboración consta de las siguientes fases: recepción de la leche, pasteurización, coagulación, desuerado del suero, moldeado, salado y maduración".

En primer lugar realizamos la recepción de la leche, vertiéndola en un tanque frío. Luego tiene que ser pasteurizada a 75 °C durante 15 segundos. Una vez pasteurizada, añadimos fermentos lácteos para la coagulación láctica de la leche a una temperatura entre 22 y 32 °C. El tiempo de coagulación es de 15 a 20 horas.

Después de este período tenemos que moldear la cuajada en moldes microperforados donde el queso tendrá que escurrir entre 15 y 20 horas. Realizaremos la salazón en la superficie. En el caso del Afuega'l pitu Roxu, una vez escurrida la cuajada, la amasaremos con pimentón y la moldearemos de nuevo. Durante la maduración de los quesos, los voltearemos para facilitar el proceso. Una vez madurado el queso, se envasa al vacío y se coloca en su característica caja piramidal.